Её президентом является Владимир Христенко — сын экс-главы Минпромторга, президента делового совета ЕАЭС Виктора Христенко.

Три наиболее крупных контракта на общую сумму 2,5 миллиарда рублей «Нанолек» получил от российского Минздрава. Согласно данным сайта госзакупок, компания должна поставить противораковый препарат даратумумабу. «Нанолек» оказался единственным участником трёх аукционов, пишет .

Кроме того, «Нанолек» владеет 75% в ООО «Эпидбиомед-Импэкс». Эта организация с 2016 года поставляет вакцины в рамках госконтрактов, общая сумма которых за данный период составила 7,7 миллиардов рублей. С начала 2020 года «Эпидбиомед-Импэкс» заключил контракты на общую сумму 750,7 млн рублей.

В 2019 году общий объём госконтрактов компании «Нанолек» составлял 203 миллиона рублей.

В 2013 году РБК сообщал, что Владимир Христенко контролирует 50,01% ООО «Нанолек» совместно с владельцем ГК «Эпидбиомед» Михаилом Некрасовым. Остальные акции принадлежали «Роснано». Но в августе 2019 года госкорпорация вышла из компании.